Stenotrophomonas maltophilia, beta-laktamaz üretimi ve diğer direnç mekanizmaları nedeniyle birçok antibiyotiğe dirençlidir. Tedavi seçenekleri sınırlıdır ve genellikle kombinasyon tedavisi veya duyarlılık testlerine dayalı kişiselleştirilmiş tedavi gerektirir